Historia Wydziału sięga 1946 roku, kiedy to z inicjatywy prof. Stanisława Turczynowicza, ówczesnego dziekana Wydziału Rolniczego Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, utworzono przywydziałową Sekcję Melioracyjną. W 1948 roku przekształcono ją w Oddział Melioracji Rolnych, a w 1950 roku na jego podstawie powołano pierwszy w Polsce Wydział Melioracji Rolnych.
Utworzenie Wydziału odpowiadało potrzebom rozwoju infrastruktury technicznej obszarów wiejskich, zwłaszcza realizacji inwestycji hydrotechnicznych i melioracyjnych. Przed 1939 rokiem inżynierów melioracji kształcono na politechnikach, m.in. na Politechnice Warszawskiej, a programy studiów miały przede wszystkim profil hydrotechniczny. Uruchomienie studiów melioracyjnych w SGGW, a następnie na uczelniach rolniczych we Wrocławiu, Krakowie i Poznaniu, służyło poszerzeniu programów o zagadnienia środowiska przyrodniczego, rolnictwa i działalności inżynierskiej na obszarach wiejskich.
Zmieniające się potrzeby gospodarcze i rosnące znaczenie ochrony środowiska wpływały na rozwój badań oraz programów kształcenia. Przemiany te odzwierciedlały kolejne nazwy Wydziału: Melioracji Wodnych od 1953 roku, Melioracji i Inżynierii Środowiska od 1990 roku, Inżynierii i Kształtowania Środowiska od 2000 roku oraz Budownictwa i Inżynierii Środowiska od 2010 roku. Od 1 października 2026 roku, w wyniku reorganizacji SGGW, działalność naukowa i dydaktyczna jest prowadzona w ramach Wydziału Budownictwa, Inżynierii Środowiska i Architektury.
Rozwojowi Wydziału towarzyszyła rozbudowa zaplecza dydaktycznego i badawczego. W pierwszych latach działalności Wydział zmagał się z trudnościami lokalowymi, a wykłady i ćwiczenia odbywały się w różnych częściach Warszawy. Wraz z rozbudową infrastruktury SGGW zaplecze dydaktyczne Wydziału stopniowo koncentrowało się w budynkach przy ul. Rakowieckiej. W 1971 roku Wydział przeniósł się do nowej siedziby przy ul. Nowoursynowskiej 159. Kolejnym ważnym etapem było oddanie do użytkowania w 2010 roku Laboratorium – Centrum Wodnego, obejmującego 20 specjalistycznych laboratoriów, sale wykładowe oraz park dydaktyczny.
Ważną działalnością Wydziału jest działalność badawcza, poparta uprawnieniami do nadawania stopni naukowych. Pierwszy stopień naukowy doktora Rada Wydziału nadała w 1951 roku, a doktora habilitowanego w 1963 roku w dziedzinie nauk technicznych w dyscyplinie melioracje wodne. Po zmianie dziedzin i dyscyplin naukowych Wydział posiadał uprawnienia do nadawania stopnia doktora w dziedzinie nauk rolniczych w dyscyplinie melioracje wodne (do 1992), a później w dyscyplinie kształtowanie środowiska. W 2011 roku dyscyplinę kształtowanie środowiska zmieniono na ochronę i kształtowanie środowiska. W 2008 roku Wydział uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia doktora, a w 2016 roku stopnia doktora habilitowanego w dziedzinie nauk technicznych w dyscyplinie budownictwo. Od 2019 roku, stopnie naukowe są uzyskiwane w dziedzinie nauk inżynieryjno-technicznych w dwóch dyscyplinach: inżynieria środowiska, górnictwo i energetyka oraz inżynieria lądowa, geodezja i transport. Do grudnia 2025 roku Rada Wydziału i rady dyscyplin nadały łącznie 271 stopni doktora oraz 105 stopni doktora habilitowanego. Kształcenie doktorantów, zapoczątkowane studiami doktoranckimi prowadzonymi w latach 1978–1981 i wznowione w 1994 roku, jest obecnie kontynuowane w interdyscyplinarnej Szkole Doktorskiej SGGW w Warszawie.
